Нажмите и смотрите видеофильм
Современного молекулярного генетика или микробиолога хлебом не корми, только дай ему определить последовательность ДНК!
Зная последовательность ДНК, молодой учёный может составить полную картину микробного сообщества, может получить микробный паспорт человека - микробиом.
Учёный определяет последовательность ДНК с помощью метода секвенирования.
Давайте рассмотрим подробнее: что же такое секвенирование?
Вы, наверное, уже хорошо знакомы с модным сейчас увлечением на телевидении, а именно, на многих каналах демонстрируют шоу: чтобы доказать родственные связи между людьми, проводят ДНК-тест: ватными палочками лаборант берёт образец слюны у разных людей, в том числе и у вас. Потом по результатам анализа ведущий оглашает приговор: "Сэр! Это ваша дочь!" И вы вынуждены вписать новое имя в своё завещание.
На этом рассказ про секвенирование ДНК можно было бы и завершить. Но ваши микробы мне по секрету говорят, что у вас проснулось любопытство и вы хотите знать больше!
Ну, что же, продолжим наш "Ералаш" и ознакомимся с историей вопроса.
Начало эры микробиома можно отсчитывать с конца 90-х годов, когда Дэвид Рилман (Relman), специалист по инфекционным заболеваниям, работающий в Стэнфордском университете, решил получить образец микрофлоры, населявшей его ротовую полость.
Процедура проста: стоматолог проводит ватной палочкой за щекой, берет мазок с поверхности зубов или десен.
На ватном тампоне вроде бы ничего нет. Но, по словам одного стоматолога, «вера в невидимое должна быть крепка необычайно»!
После палочной процедуры, взятые образцы направляют в лабораторию для культивирования в чашке Петри и выявляют те микроорганизмы, которые там неплохо себя чувствуют.
И что же мистер Рилман? Дэвид Рилман предложил смелую идею — провести анализ ДНК с помощью метода секвенирования. Напомним: это был конец 1990-х.
Стоимость мероприятия в конце 1990-х была очень высокой. В 2003 году стоимость секвенирования ДНК человека составляла 100 млн.долларов США.
Потом стоимость процедуры секвенирования снизилась до 1000 долларов, а исследование образцов мазков, взятых с различных участков человеческого тела для анализа ДНК, стало обычным делом при изучении микробиома. В лабораторных условиях каждый из образцов мазка помещают в одну из 96 ячеек, расположенных на маленькой пластиковой пластинке.
После проведения ряда манипуляций, образцы поступают в устройство под названием секвенатор, который внешне чем-то напоминает банкомат и минибар одновременно.
Информация, которую выдает нам секвенатор, впечатляет: выяснилось, что микрофлора ротовой полости человека насчитывает более 1000 видов микроорганизмов.
При этом, в области, расположенной за ушной раковиной, живут 150 видов; на внутренней стороне предплечья — 440 видов, а в кишечнике их несколько тысяч. Фактически, микробы присутствует почти во всех областях человеческого организма. Всего же в теле человека микробов насчитывается более 10 тысяч видов.
Для изучения микробиома человека современные учёные используют передовую технологию секвенирования ДНК и огромные базы данных, обработка которых по плечу лишь суперкомпьютерам.